カナダ国境から南に8キロ、州境から西に20キロの所に位置するワシントン州の田舎町、ツイン・ピークス。
山林に囲まれ、外界から隔絶された感もあるこの片田舎にて、“学園の女王”として町の誰からも愛されていた17歳の少女、ローラ・パーマーが、何者かによって殺害されるというむごたらしい事件が発生した。
普段は事件らしい事件など起こらないツイン・ピークスで、突如として発生したこの殺人事件は、穏やかな暮らしに慣れた住民へ衝撃を与えるのに十分であったが、さらに、ローラ・パーマーと同じ高校へ通う少女、ロネット・ポラスキーが暴行を受けた状態で彷徨っているところを保護され、事態は深刻化の一途をたどる。
捜査のため、FBIからツイン・ピークスへと派遣されたデイル・クーパー特別捜査官は、1年前に発生したまま、未解決となっているある少女の殺害事件と、今回のローラ・パーマーの殺害、およびロネット・ポラスキーの暴行に犯行手口の共通点を発見し、これら三つの事件を同一犯による犯行と断定、ツイン・ピークスにとどまり、捜査を開始する。
やがて、クーパー捜査官によるローラ・パーマー殺害事件の捜査が進展していくにつれ、別世界の楽園とも思えるようなツイン・ピークスでのどかに暮らす人々が、実はその裏で様々な闇を抱え込んでいる事が明らかとなっていく……。
