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Da in Deutschland nicht Bildungspflicht, sondern Schulpflicht besteht und diese im Gegensatz z. B. zur österreichischen Unterrichtspflicht an einen Schulbesuch gebunden ist (Schulzwang, zwingender Schulbesuch), darf nur in Sonderfällen von dem Besuch einer Schule abgesehen und Hausunterricht erteilt werden. Die herrschende Rechtsprechung erlaubt Hausunterricht nur für Schüler, deren Eltern im Ausland arbeiten, oder für Schüler, die wegen Behinderung oder Krankheit nicht transportfähig sind („Krankenunterricht“). Auch hier sind der staatliche Lehrplan und examinierte Lehrkräfte die Grundlage des Unterrichts. In Einzelfällen gab es bereits Erzwingungshaft für Erziehungsberechtigte, die ihre Kinder nicht zu einer staatlich anerkannten Schule schickten
Immer wieder ist die deutsche Schulpflicht von religiöser Seite zugunsten des Hausunterrichts in Frage gestellt worden. Von Kritikern des religiös motivierten Heimunterrichts wird betont, dass auch Kinder von Eltern mit strengen religiösen Vorstellungen das Recht haben müssen, sich über Sexualität, Naturwissenschaften und von ihrem Weltbild abweichenden Anschauungen zu informieren, deren Ablehnung durch die Eltern häufige Gründe für Heimunterricht sind.
Anlass zu weiterer Kritik in Deutschland war die Sorge vor möglicher Entstehung einer Parallelgesellschaft oder davor, dass Kindern durch Heimunterricht der Umgang mit Gleichaltrigen unterschiedlicher Herkunft verwehrt bliebe. Nach einer Schätzung der Evangelischen Zentralstelle für Weltanschauungsfragen werden in Deutschland zwischen 40 und 80 Kinder aus religiösen Gründen nicht zur Schule geschickt. Insgesamt wird die Zahl der Kinder, die zu Hause unterrichtet werden, derzeit auf 500 bis 3000 geschätzt.
Im Jahre 2002 kam es zu Verfahren und Einsätzen gegen die Glaubensgemeinschaft Zwölf Stämme, im Winter 2003 folgte ein Verfahren gegen eine Familie aus Hessen, die für sich in Anspruch nahm, bibeltreue Christen zu sein und ihre fünf schulpflichtigen Kinder von der Schule abgemeldet hatte. Alle Verfahren gingen jeweils mit Entscheidungen gegen die Eltern aus. Es wurden Buß- und Zwangsgelder von über 130.000 Euro gegen die Glaubensgemeinschaft verhängt, jedoch nie bezahlt. Im November 2004 versuchten Mitglieder der Glaubensgemeinschaft, den Konflikt mit den Behörden durch einen Kompromiss zu lösen, etwa durch das Angebot an das zuständige Kultusministerium, durch den Besuch eines Schulpsychologen einen Eindruck vom Leistungsstand der Kinder zu erhalten.
Der UN-Sonderberichterstatter für das Recht auf Bildung Vernor Muñoz äußerte sich in seinem in Berlin veröffentlichten Bericht vom 21. Februar 2006 besorgt darüber, dass die restriktive deutsche Schulpflicht die Inanspruchnahme des Rechtes auf Bildung mittels alternativer Lernformen wie Heimunterricht kriminalisiere.
