時は地球暦1966年。全宇宙を旅し、さまざまな生態改造を続けてゆく改造実験帝国「メス」。彼らの指揮下であるエイリアンハンターの一団は、辺境の星・地球で現地生物の収集を行った。その中には、人間の子供達も含まれていた。
さらわれた幾人もの子供達のうち、わずかに5人だけが異星人・フラッシュ星人に救われ、遠く離れたフラッシュ星系の5つの星へ分かれて育てられた。それから20年。成長した5人は自分達をさらったメスが地球侵略を計画していることを知り、養親の説得を振り切って地球に帰還、親子の絆を引き裂いたメスへの怒りとともに、地球を守るべく、フラッシュ星のテクノロジーで武装した戦士・フラッシュマンとして戦う。
メスの脱走者であり、フラッシュ星人の英雄・タイタンの遺志を伝えたレー・バラキや、20年前に失踪した子供の行方を追うべく独力でタイムマシンを作り上げた時村博士とその一家の支援・協力を得ながら、彼らはメス撃退と肉親捜しという困難な命題に立ち向かっていく。
しかし養親が彼らの帰還に反対したのは理由があった。タイタンがそうだったように、フラッシュ星で育った者は、本来地球人であるジンたち5人も含めて長期的には地球の環境に適応できず、「反フラッシュ現象」と呼ばれるショック現象を起こしてしまう。体調に異変を生じ、このまま地球に留まることは死を意味することを知った彼らは、いっそう激しさを増すメスとの戦いだけでなく、残された時間とも戦わねばならなくなっていく。
わずかな時間の中で彼らはメスに勝てるのか、それとも負けてしまうのか。
