あらすじ
第二次ネオ・ジオン抗争、別名「シャアの反乱」の終結によって、地球圏には束の間の平穏が訪れた。
それから3年後、宇宙世紀0096年。工業コロニー「インダストリアル7」において、とある謀議が交わされようとしていた。政財界に絶大な影響力を持ち、地球連邦政府を影から操るビスト財団が、「袖付き」と通称されるネオ・ジオン残党軍に「それが開かれる時には連邦政府が滅びる」と言われる「ラプラスの箱」を譲渡するという。
一方、コロニー内に設置されたアナハイム工専に通う少年バナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎めいた少女と出会う。新たな戦争の火種となり得る箱の取引を阻止するべく、たった1人で行動を起こした彼女を手助けするうちに、日常に“ずれ”ているような違和感を抱いていたバナージは、次第にオードリーに惹かれていく。
だが、取引を察知した連邦政府とアナハイム・エレクトロニクス社が地球連邦軍を軍事介入させ、コロニーは火の海と化してしまう。友人達と必死の思いで避難しながらも、オードリーの姿を捜し求めるバナージの前に、ビスト財団当主カーディアス・ビストが現れる。バナージは、瀕死のカーディアスから出生の秘密を知らされると同時に、箱の鍵となる、まるで神獣"ユニコーン"のごとく頭部に1本の角をもつ、白亜のモビルスーツ （MS） を託される。
バナージは必死の思いでMSを起動させるが、「袖付き」と連邦の戦闘に巻き込まれる。目の前に出現した「袖付き」のMSを前に、死の恐怖を感じるバナージ。その時、ユニコーンに変化が起きる。一角が2つの角に分かれ、新たな顔が現れた。
果たして、箱の鍵たる「ユニコーンガンダム」とは何なのか。そして「ラプラスの箱」に眠る宇宙世紀の始まりの秘密とは…。
