Harry Potter es el protagonista de la novela. Huérfano de ambos padres, Harry vive durante 10 años con sus tíos los Dursley y su primo Dudley desconociendo el secreto de sus orígenes. Un día, en su undécimo cumpleaños, Harry comienza a recibir muchas cartas del Colegio Hogwarts de Magia y Hechicería en las que se le informa de la disponibilidad de una plaza para que vaya a estudiar. Dado que sus tíos se muestran reacios a colaborar, Rubeus Hagrid lo asiste para emprender el viaje al instituto, ayudándole a comprar sus útiles escolares y a llegar a la estación King's Cross para tomar el tren. En el colegio conoce a los que después serían sus mejores amigos y juntos descubren que Lord Voldemort (el verdugo de James Potter y Lily Potter) quiere apoderarse de la piedra filosofal para conseguir la inmortalidad.
Ron Weasley el mejor amigo de Harry y Hermione. Ron asiste a Hogwarts acompañado por tres de sus seis hermanos (Percy y los gemelos Fred y George). Según Albus Dumbledore, Ron se siente superado por sus hermanos, que son más populares o que han logrado buenos triunfos académicos; sin embargo, su habilidad para jugar al ajedrez le ayuda a pasar una de las pruebas que bloquean el acceso a la piedra filosofal.
Hermione Granger es una de las tres protagonistas y es la mejor amiga de Harry. Es una niña inteligente que había adquirido muchos conocimientos sobre la magia incluso antes de entrar al colegio. Al igual que sus amigos se la selecciona como alumna de la casa de Gryffindor. Además de ser quien hace todo lo posible para evitar que sus amigos se metan en problemas, su intervención resulta vital en el intento de conseguir la piedra filosofal antes que Voldemort, ya que sus conocimientos le ayudan a descifrar el acertijo de las botellas que consistía en beber la correcta para pasar por las llamas de fuego que les impedía pasar a la siguiente habitación.
El escudo de armas de Hogwarts, colegio al que acude Harry.
Albus Dumbledore es el director de la escuela de magia. Acompañado por Hagrid y McGonagall, deposita al niño de tan sólo un año de edad en la puerta de la casa de los Dursley. Según muchas personas, Dumbledore es la única persona a la que le teme Lord Voldemort, ya que se lo reconoce como uno de los magos más poderosos del siglo. En Navidad le entrega a Harry una capa de invisibilidad que había pertenecido al padre del muchacho.[nota 2] Al final del libro menciona que por mutuo acuerdo con el alquimista Nicholas Flamel había destruido la piedra filosofal creada por éste último para evitar futuros inconvenientes.
Minerva McGonagall es la profesora de Transformaciones; también es la jefa de la casa Gryffindor y ocupa el cargo de subdirectora en el internado. McGonagall es una animaga y puede adoptar la forma de un gato y de esa manera vigila a la familia Dursley antes de que lleven a Harry con ellos. Es la persona que le regala a Harry su primera escoba voladora, la Nimbus 2000, para que pueda jugar en su primer partido de quidditch.
Draco Malfoy es hijo de una aristocrática familia de magos –de lo cual se siente orgulloso– y un miembro de la casa Slytherin. Sus padres –Lucius y Narcisa Malfoy– estuvieron del lado de Voldemort durante la Primera Guerra. Siempre trata de meter a Harry, Ron y Hermione en problemas y desprecia a todas las personas que sean hijos de muggles, como es el caso de esta última.
