Rubeus Hagrid aparece para llevarse a Harry cuando los Dursley intentan impedir que parta rumbo al colegio; el hombre ayuda a Harry a comprar sus materiales escolares en el Callejón Diagon y allí éste descubre que es famoso entre los magos por haber sobrevivido al intento de homicidio. Posteriormente, el muchacho toma el tren que lo lleva a Hogwarts y allí conoce a Ronald Weasley, un chico pelirrojo hijo de magos y a Hermione Granger, una jovencita de origen muggle con altas aspiraciones académicas. Los tres se hacen amigos y más tarde se ven envueltos en una serie de episodios relacionados con un objeto escondido en las profundidades del edificio: la piedra filosofal, un artefacto con el poder de transmutar los metales en oro y producir el elixir de la vida eterna. Diferentes hechos les hacen suponer que el profesor Severus Snape desea conseguir la piedra para entregársela a Voldemort, con quien el docente estaría confabulado.
Tras confirmar que el espíritu de aquel brujo tenebroso ronda el castillo y que la piedra se encuentra en peligro, Harry, Ron y Hermione alertan a los profesores, pero éstos desestiman esa posibilidad ya que el objeto se encuentra protegido por diversas trampas en una cámara subterránea. Los tres niños, entonces, atraviesan la puerta trampa custodiada por un cancerbero y se ven sometidos a diferentes pruebas hasta llegar a la recámara donde se encontraba la piedra. Harry descubre que el profesor Quirinus Quirrell era quien intentaba robarla desde el principio puesto que Voldemort –que permanecía como parásito en la nuca del profesor– se lo había ordenado. Harry consigue la piedra y Quirrel intenta asesinarlo, pero no consigue sobrevivir al contacto con el muchacho y muere cuando Voldemort abandona su cuerpo.[nota 1]
Después de una charla reveladora con el director del instituto, Harry se reencuentra con sus amigos y parte de regreso a la casa de sus tíos, ya que el año lectivo ha concluido.
