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O filme começa mostrando galinhas sendo preparadas para o almoço. Uma delas escapa e é perseguida por bandidos armados. A galinha para entre os bandidos e um jovem chamado Buscapé, que acredita que a gangue quer matá-lo. O filme volta 10 anos no tempo, onde Buscapé conta como ele foi parar naquela situação.
Três ladrões (Cabeleira, Alicate e Marreco), conhecidos como Trio Ternura, aterrorizam os negócios locais com vários assaltos. Marreco é o irmão de Buscapé. Como Robin Hood, eles dividem parte do dinheiro roubado com os habitantes da favela chamada de Cidade de Deus e, em troca, são protegidos por eles. Vários meninos idolatram o Trio, um deles, chamado de Dadinho, os convence a roubar um motel. A gangue concorda, porém decidem por não matar ninguém e, achando que Dadinho é pequeno demais para participar, deixam ele como vigia. Eles dão a ele um revólver e falam para dar um tiro de aviso se a polícia chegar. Insatifeito, Dadinho da um tiro de aviso no meio do roubo e procede para satisfazer seu desejo de sangue assassinando todos os ocupantes no motel. O massacre chama a atenção da polícia, fazendo com que o Trio Ternura deixe a favela. Alicate se junta à igreja, Cabeleira é morto pela polícia ao tentar escapar com sua namorada e Marreco é morto por Dadinho depois tentar roubar o dinheiro do menino e seu amigo Bené, que estavam se escondendo após os crimes cometidos no motel.
O tempo avança alguns anos. Buscapé se junta a um grupo de jovens que gostam de fumar maconha. Ele desenvolve um interesse em fotografia ao tirar fotos de seus amigos, especialmente de uma garota, Angélica. Ele tenta várias vezes se aproximar dela; porém, todas elas são arruinadas por um grupo de jovens arruaceiros conhecidos como Caixa Baixa. Dadinho muda seu nome para Zé Pequeno e, junto com seu amigo de infância Bené, estabelece um império do tráfico de drogas eliminando toda a sua competição, com a exceção de um traficante chamado Cenoura.
Uma relativa paz chega à Cidade de Deus com Zé Pequeno no comando, que evita chamar a atenção da polícia abordando e matando um dos Caixa Baixa, que estava cometendo crimes na área. Zé planeja matar seu concorrente, Cenoura, porém é impedido por Bené, que é amigo de Cenoura. Eventualmente, junto com Angélica, ele decide deixar sua vida criminal para trás e se mudar para uma fazenda, assim ele faz uma grande festa de despedida. Zé, não conseguindo achar uma garota que quisesse dançar com ele, humilha um homem chamado Mané Galinha. Mais tarde, Bené é morto por um antigo traficante, Neguinho, que estava tentando matar Zé. Bené era o único homem que impedia Zé Pequeno de atacar os negócios de Cenoura. Sua morte deixa Zé em perigo e Cenoura com medo.
Após a morte de Bené, Zé Pequeno estupra a namorada de Mané Galinha e mata seu tio e irmão. Galinha, procurando vingança, se alia a Cenoura. Depois de matar um dos homens de Zé e ferir o próprio, uma guerra entre as duas facções começa, envolvendo toda a Cidade de Deus. Ambos os lados recrutam mais e mais "soldados", com Zé fornecendo armas para a Caixa Baixa com a condição de lutarem para ele. Com inveja da notoriedade do Galinha, Zé Pequeno faz Buscapé tirar fotos dele e da sua gangue. Sem o conhecimento de Buscapé, uma repórter decide publicar as fotos no jornal. Buscapé, erroneamente achando que Zé Pequeno quer matá-lo, teme por sua vida. Na verdade Zé fica muito satisfeito com seu ganho de notoriedade.
Voltando ao início de filme, confrontado pela gangue, Buscapé se surpreende quando Zé manda que ele tire uma foto dele e de seus homens. Enquanto Buscapé se prepara para tirar a foto, Cenoura aparece e um tiroteio começa entre as duas gangues e, mais tarde, a polícia. Mané Galinha é morto por um menino que havia se infiltrado na gangue para vingar a morte de seu pai, morto por Galinha em um assalto a banco. Zé Pequeno e Cenoura são presos. Zé é revistado e humilhado pelos policiais, porém é solto; com tudo sendo fotografado por Buscapé. Depois da saída dos policiais, a Caixa Baixa cerca Zé e o matam em vingança de seu amigo. Buscapé tira fotos do corpo de Zé e as leva para o jornal.
Buscapé é visto no escritório do jornal olhando suas fotos e decidindo se devia publicar as fotos dos policiais corruptos e do corpo de Zé. As fotos do policiais fariam dele uma pessoa famosa, porém ao mesmo tempo em perigo. As fotos do corpo de Zé Pequeno fariam ele conseguir um emprego no jornal. Ele decide ir pelo caminho mais seguro e o jornal publica as fotos do corpo baleado de Zé.
O filme termina com a Caixa Baixa andando pela Cidade de Deus, fazendo uma lista de traficantes que eles pretendem matar para tomar o império das drogas. Eles falam que o Comando Vermelho está chegando.
