Pomimo fizycznych podobieństw do świń i innych znanych parzystokopytnych, ich najbliżsi żyjący krewni to walenie – wieloryby, morświny, delfiny itp. Wspólny przodek wielorybów i hipopotamów oddzielił się od innych parzystokopytnych około 60 milionów lat temu. Najstarsze znane skamieniałości hipopotamów z rodzaju Kenyapotamus, pochodzą sprzed 16 milionów lat, odnaleziono je w Afryce.