リンクは、前作の旅の終わりで別れた大切な友を探して旅をしていた。その途中、リンクはエポナに乗って静かな森をさまよっていた。すると突然2匹の妖精が現れてエポナを脅かし、リンクは振り落とされて気絶してしまう。そこに奇妙な仮面をかぶったスタルキッドが現れる。スタルキッドはリンクの持つ「時のオカリナ」を奪い、エポナに乗って逃走する。リンクはスタルキッドを見つけるが仮面の魔力でデクナッツの姿に変えられてしまい、またスタルキッドに逃げられてしまう。そしてリンクがたどり着いた世界はあと3日で終わる世界だった。