舞台はハイラルとは違う次元に存在する世界タルミナで、リンクはこのパラレルワールドに迷い込んでしまう。そこは3日後には月が落ちてきて滅びてしまう世界で、リンクは「最初の日」への時間逆行を繰り返しながら、世界に広がる謎を解き明かしていく。俗に "3日間システム" とも呼ばれるこのシステムは、謎解きを(ゲーム内での)3日以内に解いてセーブ=初日に戻ることを意味し、この3日間を利用した謎解きやイベントが多い(もちろん最期の夜を過ぎたら月が地面へ落下してゲームオーバーとなる)。日本国外版、ゼルダコレクション版は、中断セーブが可能。
仮面がテーマになっている通り、今回は、仮面を着けることでリンク自身の能力を変化させ、世界に、人々に変化をもたらせる。また「滅びる運命にある世界」の通り、「死」がメインストーリーの所々に存在する。
本作の特徴は、前作『時のオカリナ』に比べると、ダンジョンの数が少ないことが挙げられる。一方で、町の住人達の作りこみが細かく、3日間の間に様々な行動をし、主人公が彼らに干渉するイベントが用意されている。2010年現在、このようなシステムを取り入れたゼルダは本作のみである。